二氧化碳培養箱箱體內的溫度均一性也是用戶需要考慮的主要因素，一般在箱體內配備了風扇以及風道的培養箱的均一度要好很多，同時此裝置還有助于箱內溫度、CO2濃度和相對濕度的迅速恢復。
氣套式加熱和水套式加熱，兩種加熱系統都是和可靠的，同時它們都有著各自的優點和缺點。水套式加熱是通過一個獨立的水套層包圍內部的箱體來維持溫度恒定的，其優點：水是一種很好的絕熱物質，當遇到斷電的時候，水套式系統就可以比較長時間的保持培養箱內的溫度準確性和穩定性，有利于實驗環境不太穩定的用戶選用。
氣套式加熱是通過遍布箱體氣套層內的加熱器直接對內箱體進行加熱的，又叫六面直接加熱。氣套式與水套式相比，具有加熱快，溫度的恢復比水套式培養箱迅速的特點，特別有利于短期培養以及需要箱門頻繁開關取放樣的培養。此外，對于使用者來說氣套式設計比水套式更簡單化。
